สถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำภูเก็ตเปิดดำเนินการเมื่อวันที่ 10 กันยายน 2526 บริหารจัดการโดย เงินนอกงบประมาณ ซึ่งจัดตั้งเป็นเงินทุนหมุนเวียนสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำ จังหวัดภูเก็ต เมื่อปีงบประมาณ 2529 วัตถุประสงค์ใน การจัดตั้งเงินทุนหมุนเวียนสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำ จังหวัดภูเก็ต เพื่อใช้ในการดำเนินการปรับปรุงและขยายงานของสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำภูเก็ต ให้มีบทบาทเป็นแหล่งเรียนรู้สำหรับเยาวชน นักเรียน นักศึกษา และประชาชนทั่วไป ในการเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับชีวิตสัตว์น้ำ การอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและสิ่งแวดล้อม โดยรายได้ของสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำมาจากค่าบัตรเข้าชม การจำหน่ายสินค้าที่ระลึก อาหาร และเครื่องดื่ม โดยนำกลับมาพัฒนาและยกระดับการให้บริการแก่ผู้เข้าชม

ปัจจุบันสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำภูเก็ต อยู่ภายใต้กลุ่มพิพิธภัณฑ์และสถานแสดงพันธุ์สัตว์ทะเล ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งทะเลอันดามันตอนบน สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม